1、制作不同

燕窝是指雨燕目雨燕科的部分雨燕和金丝燕属的几种金丝燕分泌出来的唾液，再混合其他物质所筑成的巢穴。

毛燕主要是灰腰金丝燕所筑造的巢。此种雨燕天性喜欢用唾液加上自己的毛来筑巢（平均一个巢含有十到五十巴仙左右的羽毛）。

2、产地不同

燕窝主产于马来西亚、印度尼西亚、泰国和缅甸等东南亚GJ及我国的福建和广东沿海地带．燕窝含有丰富的糖类、有机酸、游离氨基酸以及特征物质——唾液酸，具有滋阴、润燥和补中益气等功效，作为药食两用的高档滋补品，深受国内外消费者的喜爱。

毛燕是洞燕的一种，原产地包括泰国、印尼以及马来西亚的沙巴及砂劳越。砂劳越及沙巴州的燕窝洞遍布境内的GJ公园，森林保护区以及沿海的岛屿，尼亚亚(Niah)，峇南(Baram)等地方。

3、处理不同

燕窝中的主要营养成分是蛋白质，其中有1种必需氨基酸(赖氨酸)，3种条件性必需氨基酸，而人体需要的必需氨基酸有8种，条件性必需氨基酸有13种。

燕窝的采摘者在采摘燕窝后，一般会对燕窝进行挑毛处理，从而使燕窝的成品外形更加美观漂亮。但也有一些商人对采摘的燕窝不加挑毛就进行出售，这样的燕窝，称之为毛燕，也叫毛燕窝。